Skip to content

Szpitalny wybuch syndromu oddechowego na Bliskim Wschodzie Koronawirus AD 8

2 miesiące ago

451 words

Analiza filogenetyczna sekwencji wszystkich genów zidentyfikowanych u czterech pacjentów zakażonych MERS-CoV. Panel A pokazuje różnice pojedynczych nukleotydów (pionowe kolorowe paski) między genomem England2 i czterema genomami Al-Hasa, jak również cztery dodatkowe pełne dostępne genomy; szary wskazuje na lukę w sekwencji zapytań, pomarańczową zmianę na A, purpurową zmianę na T, niebieską zmianę na G i purpurową zmianę na C. Używane referencyjne genomy pochodzą od jordańskiego pacjenta w kwietniu 2012 r. (wejście do GenBank numer, KC776174), EMC / 2012 od pacjenta z Arabii Saudyjskiej w lipcu 2012 r. (JX869059), 19 Anglii / Kataru / 2012 od pacjenta z Kataru w Londynie we wrześniu 2012 r. (KC667074), 22 Anglia2 od pacjenta, który udał się do Pakistanu i Arabii Saudyjskiej Arabia w lutym 2013,13 i sekwencja Monachium / AbuDhabi od pacjenta ze Zjednoczonych Emiratów Arabskich w marcu 2013 r.23 Panel B pokazuje nieukierunkowaną filogenezę maksymalnej wiarygodności wywiedzioną na podstawie modelu zastępowania uogólnionego czasu (GTR) + Gamma, który porównuje pięć wcześniej zidentyfikowanych genomów zespołu oddechowego środkowego wschodu (MERS) z czterema genomami Al-Hasa. Wartości bootstrap są wyświetlane dla wysoce obsługiwanych węzłów. Panel C pokazuje czasowo rozdzielone drzewo wiarygodności kladu dla pięciu wcześniej zidentyfikowanych genomów i czterech genomów koronawirusa MERS Al-Hasa. Wartości prawdopodobieństwa tylnego są pokazane dla węzłów z tylnym wsparciem większym niż 0,5. Wyniki są zgodne z wcześniej opublikowanymi danymi szacunkowymi.24 Spośród czterech izolatów MERS-CoV, Al-Hasa_1_2013 (numer dostępu w GenBank, KF186567) od Pacjenta V i Al-Hasa_4_2013 (KF186564) od Pacjenta K mają identyczne genomy, podczas gdy Al-Hasa_2_2013 (KF186566) od Pacjenta J i Al-Hasa_3_2013 ( KF186565) od Pacjenta Mam dwie lub trzy różnice nukleotydów od Al-Hasa_1_2013 (Figura 4A).
Analiza filogenetyczna czterech genomów MERS-CoV wykazała, że wirusy tworzą kladę monofiletyczną z 100% wsparciem dla bootstrapów (Figura 4B). Najbardziej zbliżoną sekwencją do tego kladu jest Anglia2, z genetyczną odległością 0,0008 podstawień na miejsce. Linia Al-Hasa ma 15 zdefiniowanych mutacji (4 niesynonimowe: A1643S i V2550I w ORF1ab, Q1208H w białku S i F58S w ORF3).
Oszacowaliśmy, że data ostatniego wspólnego przodka MERS-CoV przypadała na 18 sierpnia 2011 r. (95% najwyższa gęstość boczna [HPD, odstępy czasu dla sekwencji nukleotydów], listopada 2009 r., Do 14 kwietnia 2012 r.). Data rozbieżności linii Al-Hasa miała miejsce 6 grudnia 2012 r. (95% HPD, 18 lipca 2012 r., Do 3 lutego 2013 r.), A datą ostatniego wspólnego przodka linii Al-Hasa był kwiecień 2, 2013 (95% HPD, 7 lutego 2013 r., Do 21 kwietnia 2013 r.) (Ryc. 4C).
Dyskusja
Ostre wirusowe infekcje dróg oddechowych powodują znaczne zachorowalność i śmiertelność oraz stwarzają ryzyko wybuchu epidemii w placówkach opieki zdrowotnej.25-27 Opisujemy grupę zakażeń MERS-CoV i relacjonujemy powiązaną z chorym z człowiekiem transmisję MERS-CoV z człowieka na człowieka
[patrz też: neurolog siedlce, psychoterapia bielsko biała, stomatolog gocław ]

Powiązane tematy z artykułem: neurolog siedlce psychoterapia bielsko biała stomatolog gocław