Skip to content

Szpitalny wybuch syndromu oddechowego na Bliskim Wschodzie Koronawirus AD 3

1 miesiąc ago

427 words

Przeanalizowaliśmy również listy medyczne pacjentów z potwierdzoną infekcją MERS-CoV, aby zidentyfikować objawy, wyniki badań laboratoryjnych i przebieg kliniczny. Ministerstwo Zdrowia przeprowadziło rozmowy domowe z pacjentami z potwierdzonym zakażeniem MERS-CoV i obserwowało je przez 14 dni po ekspozycji. Dokonaliśmy mapowania potwierdzonych i prawdopodobnych przypadków MERS-CoV w czasie i przestrzeni w ramach zakładów opieki zdrowotnej. Dla każdego przypadku zidentyfikowaliśmy potencjalne narażenia, przy założeniu, że kontakt bezpośredni lub czas spędzony w tym samym obszarze wiążą się z większym ryzykiem niż współdzieleni opiekunowie, co z kolei wiąże się z większym ryzykiem niż wspólny sprzęt. Nie poczyniono żadnych założeń dotyczących okresów inkubacji. Trzech autorów dokonało niezależnej analizy potencjalnych ekspozycji; gdy możliwe było więcej niż jedno potencjalne narażenie, najbardziej prawdopodobne źródło narażenia zidentyfikowano w drodze konsensusu między tymi autorami a dodatkowym autorem. Odpowiedni autor zapewnia dokładność i kompletność danych.
Sekwencjonowanie i analiza filogenetyczna
Sekwencje pełnego genomu uzyskano z próbek od czterech pacjentów (Pacjentów I, J, K i V) (patrz Tabela S1 w Dodatku Aneks, dostępny z pełnym tekstem tego artykułu na). Produkty amplikonu zostały zsekwencjonowane za pomocą sekwensera Illumina MiSeq i połączone w pełne genomy za pomocą zestawu z asemblerem SPAdes 2, wersja 2.4.0. Zespoły zostały sprawdzone za pomocą zestawu referencyjnego (SMALT, wersja 0.7.4). Otwarte ramki odczytu nowych genomów i porównanie zmian nukleotydów w stosunku do najbliższego istniejącego genomu MERS (England2_HPA) analizowano za pomocą skryptów Pythona.
Pełnej długości genomy połączono z pięcioma wcześniej zidentyfikowanymi genomami MERS-CoV (KC776174, JX869059, KC667074, EMC / Munich / AbuDhabi / 2013 i England2) i porównano z zastosowaniem Molecular Evolution Genetics Analysis, wersja 5 (MEGA5), oprogramowanie . Drugie wyrównanie zostało utworzone w celu włączenia tylko regionów kodujących (ORF1ab, S, ORF3, ORF4a, ORF4b, ORF5, E, M, N). Filogeny o maksymalnej wiarygodności zostały wywiedzione z użyciem estymacji filogenetycznej przy użyciu maksymalnego prawdopodobieństwa (PhyML), wersji 3.0, oprogramowania i 1000 razy uruchomionego rozruchu, aby ocenić wiarygodność. Dalsze czasowo rozdzielone drzewa filogenetyczne uzyskano ze sprzężonego kodowania z użyciem analizy ewolucyjnej Bayesa przez pobieranie próbek drzew (BEAST), wersja 1.7.5, oprogramowanie. Porównano prawdopodobieństwo uruchamiania w różnych modelach, a do podsumowania najbardziej prawdopodobnego modelu użyto drzewa maksymalnej wiarygodności klady.
Analiza statystyczna
Wyliczyliśmy empiryczne skumulowane funkcje gęstości okresu inkubacji i przedziałów seryjnych, obliczając skumulowaną frakcję wszystkich obserwacji, które spadły poniżej każdej zaobserwowanej wartości w odpowiednich zestawach danych
[podobne: objawy ciąży, prowadzenie ciąży Warszawa, ginekologia ]

Powiązane tematy z artykułem: ginekologia objawy ciąży prowadzenie ciąży Warszawa